Trình tự của ba mẫu virus corona mới được thu thập gần đây ở Bắc Kinh không giống nhau, cho thấy loại virus corona mới này có thể đã lây lan âm thầm trong cộng đồng ở Bắc Kinh từ 1-2 tháng trước.
Viết bởi | Thời Tuấn
Số ca bệnh được xác nhận trên toàn thế giới là 8.242.999
Số người chết trên toàn cầu: 445.535
(Dữ liệu mới nhất tính đến thời điểm báo chí đưa tin, nguồn | WHO)
Trong mục nhật ký ngày 21 tháng 4, "Giải thích chi tiết về phương pháp theo dõi trình tự gen virus và điều tra dịch bệnh", tôi đã đề cập đến việc chia sẻ trình tự virus và chương trình Nextstrain.
Sau khi một đại dịch bùng phát, các nhà khoa học từ khắp nơi trên thế giới sẽ giải trình tự các mẫu virus mới thu thập được. Do tính cấp bách của dịch bệnh, nhiều nhà khoa học sẽ tải các trình tự gen virus chưa công bố lên một số cơ sở dữ liệu dùng chung (như GISAID) và chia sẻ chúng với thế giới.
Một nhóm chuyên gia về sự tiến hóa của vi-rút, bao gồm Trevor Bedford tại Trung tâm nghiên cứu ung thư Fred Hutchinson ở Seattle, đã tổ chức một dự án có tên là Nextstrain. Các nhà khoa học sẽ tải các trình tự virus được chia sẻ vào phần phụ trợ của Nextstrain sớm nhất có thể, kết hợp các trình tự này vào bản đồ lây truyền toàn cầu và công bố thông tin mới nhất về dịch tễ học bộ gen của loại virus corona mới trên nextstrain.org và cập nhật cây phả hệ của virus.
Nền tảng phần mềm Nextstrain đã được phát triển và cải tiến dần dần trong vài năm qua và đã được sử dụng trong các dịch bệnh như Ebola, Zika và cúm theo mùa. Mục đích của nó là để dịch tễ học bộ gen có thể phát huy tác dụng nhanh nhất có thể trong quá trình xảy ra dịch bệnh. Năm nay, thông tin về sự lây lan của loại virus corona mới cũng được cập nhật liên tục.
Hôm nay, tài khoản Twitter của Nextstrain đã công bố ba trình tự gen coronavirus mới, tất cả đều lấy từ các mẫu virus trong đợt bùng phát gần đây ở Bắc Kinh. Ba mẫu được thu thập vào ngày 11 tháng 6 năm 2020, hai mẫu từ người bị nhiễm bệnh và một mẫu từ mẫu môi trường. Được giải trình tự nhanh chóng bởi Viện Kiểm soát và Phòng ngừa Bệnh do Vi-rút Quốc gia (NIVDC), Trung tâm Kiểm soát và Phòng ngừa Dịch bệnh Trung Quốc và chia sẻ tại GISAID.
Ba trình tự này nằm trong một cụm tiến hóa bao gồm nhiều mẫu từ Châu Âu (Hình 1, bảng trên và bảng dưới) và rất khác so với trình tự di truyền của ba loại vi-rút được nhập khẩu vào Bắc Kinh lấy mẫu vào ngày 19-20 tháng 3 năm 2020.
Hình 1 Sơ đồ phả hệ của virus corona toàn cầu. Biểu đồ trên sử dụng thời gian lấy mẫu làm trục ngang và biểu đồ dưới sử dụng số lượng đột biến làm trục ngang. (Nhấp vào để phóng to)
Trong khuôn khổ toàn cầu, các trình tự gần nhất với ba trình tự Bắc Kinh này đến từ Cộng hòa Séc, Đài Loan, Trung Quốc, Hy Lạp và Bồ Đào Nha (Hình 2). Do Nextstrain gần đây đã sắp xếp hợp lý nhiều trình tự lặp lại trong cơ sở dữ liệu của mình nên vẫn chưa rõ loại virus ở Bắc Kinh đến từ đâu.
Hình 2 (nhấp để phóng to)
Nếu chúng ta nhìn vào sự phân bố theo khu vực, trong khuôn khổ châu Á (Hình 3), trình tự của Bắc Kinh rất gần với trình tự của Cộng hòa Séc, Đài Loan, Đan Mạch, Colombia, Israel và Áo.
Hình 3 (nhấp để phóng to)
Trong khuôn khổ châu Âu (Hình 4), trình tự của Bắc Kinh rất giống với trình tự từ nhiều quốc gia châu Âu như Cộng hòa Séc và Đan Mạch, và chỉ khác một đột biến so với trình tự di truyền từ Bồ Đào Nha và Thụy Điển.
Hình 4 (nhấp để phóng to)
Do đó, dựa trên phân tích trình tự gen, loại virus corona mới lây lan gần đây ở Bắc Kinh có liên quan đến loại virus đang lưu hành ở châu Âu. Nhưng vì nó tương tự như trình tự ở nhiều quốc gia nên vẫn chưa rõ nó có nguồn gốc từ đâu và được du nhập vào Bắc Kinh khi nào.
Cuối cùng và quan trọng nhất là mặc dù ba trình tự gen virus ở Bắc Kinh tương tự nhau nhưng chúng không giống nhau. Đã có hai đột biến giữa mẫu (1) và mẫu (2, 3) (Hình 5). Đột biến bước đầu tiên (A29694C) có trong cả hai mẫu (2 và 3), nhưng đột biến bước thứ hai thì khác nhau (C12085T và A11910G). Điều này cho thấy loại virus corona mới có thể đã lây lan âm thầm trong cộng đồng Bắc Kinh một thời gian trước khi bùng phát. Do tốc độ đột biến của loại virus corona mới không nhanh nên trung bình mỗi tháng nó đột biến hai lần. Nếu dịch bệnh xảy ra tại một thời điểm duy nhất (Chợ Xinfadi) trong thời gian ngắn, trình tự gen của virus có thể sẽ giống nhau.
Hình 5 (nhấp để phóng to)
Tôi đã đề cập đến điều này trong nhật ký trước đây của mình (xem "Mở quan tài để khám nghiệm tử thi: Khi nào các ca nhiễm vi-rút Corona xuất hiện ở nhiều quốc gia | 117 quan sát về dịch bệnh"), ở nhiều nơi trên thế giới, chẳng hạn như Seattle và New York ở Hoa Kỳ, Paris ở Pháp, v.v., vi-rút Corona đã lây lan âm thầm trong cộng đồng mà mọi người không hề hay biết trong 1-2 tháng trước khi gây ra một đợt bùng phát toàn diện. Sự lây truyền virus corona mới trong cộng đồng ở Bắc Kinh có thể đã bắt đầu từ 1-2 tháng trước.
Tài liệu tham khảo
https://mobile.twitter.com/nextstrain/status/1273642115826880512
